Bactéries d’au moins 15 millions d’années dans nos intestins

Certaines bactéries dans nos intestins remontent à au moins quinze millions d’années, soit bien avant que nous soyons devenus humains. Telles sont les conclusions révélées jeudi par une étude.

Cette découverte suggère que l’évolution joue un plus grand rôle dans la composition du microbiote intestinal qu’on ne le pensait, expliquent ces chercheurs. Leurs travaux sont parus dans la revue américaine Science.
Ces bactéries contribuent aux premiers stades de développement de nos intestins, entraînent notre système immunitaire à combattre des agents pathogènes et pourraient même affecter notre humeur et comportement, précisent-ils.
« Nous montrons avec cette recherche que certaines bactéries intestinales humaines descendent directement de celles qui vivaient dans les intestins de nos ancêtres communs avec les singes », indique Andrew Moeller, un chercheur de l’Université de Californie à Berkeley.
« Cela prouve qu’il y a une lignée ininterrompue de ces bactéries depuis des millions d’années, depuis l’émergence des singes africains », ajoute celui-ci, un des co-auteurs.
Deux clivages
Alors que les humains et les grands singes ont évolué dans des espèces distinctes à partir d’un ancêtre commun, les bactéries présentes dans les intestins de ce dernier ont également évolué dans des souches différentes, ont déterminé ces scientifiques.
Ils ont trouvé des preuves génétiques que l’évolution séparée de ces bactéries en souches distinctes s’est produite quand les ancêtres communs ont commencé à évoluer en diverses espèces. Ainsi le premier clivage des bactéries intestinales s’est produit il y a environ 15,6 millions d’années quand la lignée des gorilles a divergé de celle des autres hominidés.
La seconde séparation est intervenue il y a 5,3 millions d’années au moment où la branche humaine s’est séparée de celles des chimpanzés et des bonobos. « Nous savions depuis longtemps que les humains et nos plus proches cousins, les grands singes, ont ces bactéries dans leurs intestins », relève Andrew Moeller.
« La plus grande question à laquelle nous cherchions à répondre était celle de savoir d’où viennent ces bactéries, de notre environnement ou de notre évolution, et combien de temps les lignées ont persisté », ajoute-t-il.
Evolution similaire
Pour cette recherche, ces scientifiques ont analysé des échantillons fécaux de chimpanzés, de bonobos et gorilles qui vivent à l’état sauvage en Afrique et des personnes aux Etats-Unis. Des fossiles et des indices génétiques ont permis d’établir que ces quatre espèces d’hominidés ont toutes évolué à partir d’un ancêtre commun qui vivaient il y a plus de dix millions d’années.
Les chercheurs ont utilisé le séquençage génétique pour analyser toutes les différentes versions d’un gène bactérien présent dans tous les échantillons fécaux. A partir de ces données, ils ont pu reconstruire les arbres de l’évolution des trois groupes de bactéries intestinales qui forment plus de 20% du microbiome humain. Deux de ces groupes ont une évolution similaire à celle des hominidés.
ats